補助金のつなぎ融資とファクタリング｜後払いの補助金で資金繰りをどうするか

補助金は原則として後払い（精算払い）で、事業を実施した後に必要書類を提出して検査を受けてから受け取ります^[1]。そのため、補助事業の経費はいったん自社で全額を支払う必要があり、補助金が入るまでの資金を「つなぎ融資」などで用意します。この記事では、補助金の入金までの流れ、つなぎ融資の金利の目安、補助金で買った設備の担保の制限、ファクタリングを使うときの注意点を解説します。

つなぎ資金全般の考え方はつなぎ資金とはで解説しています。

補助金はいつ入金される？後払い（精算払い）の流れ

補助金は、交付決定の後に事業を実施し、実績報告と確定検査を経て額が確定してから請求します。ミラサポplusは、請求から数週間〜1か月程度で補助金が入金されると説明しています^[1]。

ミラサポplus（中小企業庁の補助金・総合支援サイト）の説明と、補助金等適正化法の条文を並べると、流れは次のとおりです。

ミラサポplusは、申請後の審査から交付決定を経て事業を始めるまでに、通常数か月かかると説明しています^[1]。補助金の入金は、事業期間の後にさらに実績報告・検査・請求の期間を経てからになります。

主な補助金と公募の時期

ミラサポplusは、補助金の募集は早いもので2月から、おおむね6月ごろまでに始まり、具体的な募集期間と回数は補助金ごとに違うと説明しています^[1]。同サイトが主な補助金として挙げているものは次のとおりです（2026年9月18日確認）。

同サイトでは、ものづくり補助金は2026年5月、新事業進出補助金は2026年6月をもって公募を終了したと表示しています^[1]。設備投資を伴う補助金ほど支払額が大きく、つなぎ資金も大きくなります。

補助金のつなぎ融資とは｜仕組みと金利の目安

補助金のつなぎ融資は、補助事業の経費の支払時期に借り入れ、補助金の入金で返済する短期の融資です。金利は金融機関と条件で決まるため、公表されている平均金利を目安に比べます。

金利は上昇局面にあります。日本銀行は2026年9月18日に、無担保コールレート（オーバーナイト物）の誘導目標を1.25%程度に引き上げることを決め、9月24日から適用しました^[12]。日本政策金融公庫の調査では、前年より借入金利が「上がった」と答えた小企業が57.9%でした^[11]。つなぎ融資を申し込むときは、金利が変わるタイミングも確認してください。

補助金のつなぎ融資は、返済の原資が補助金の入金に決まっているため、返済期日を入金予定日より後に設定するのが基本です。入金予定日ちょうどに返済期日を置くと、確定検査の遅れで返済できなくなるおそれがあります。

自己負担分とつなぎ資金は、借り方を分ける

補助事業の資金は、補助金が入っても戻らない自己負担分と、補助金の入金で返せるつなぎ資金に分かれます。返済の原資が違うため、借り方も分けて考えます。

自己負担分まで短期のつなぎ融資で借りると、補助金が入っても返しきれず、返済期日に資金が不足します。金融機関に相談するときは、2つの区分を分けた資金計画を示してください。

信用保証協会の保証付き融資は使える？

補助金のつなぎ融資を、信用保証協会の保証を付けて金融機関から借りる方法もあります。全国信用保証協会連合会が全国共通の制度として紹介しているもののうち、つなぎ資金に関係しやすいのは次の2つです^[10]。

信用保証協会の保証制度や、都道府県・市区町村の制度融資の内容は地域ごとに違います。全国共通の条件だけで判断せず、取引金融機関と地元の信用保証協会に、交付決定通知書を持って相談してください。保証付き融資の全体像は信用保証協会の保証付き融資で解説しています。

相談するときに用意する書類は？

つなぎ融資の相談では、補助金の交付が決まったことと、支払の予定を示す書類をそろえます。

補助事業の支払は、証拠書類として銀行の振込受領書などの写しを提出します^[1]。つなぎ融資で借りた資金から支払う場合も、振込で支払って記録を残してください。

つなぎ融資を使うときの注意点

補助金のつなぎ融資で特に注意したいのは、補助金で買う設備を担保にできないこと、補助金が減額されうること、自己負担分は別に必要なことの3点です。

補助金で買った設備は担保にできない

国の補助金の場合、補助金で取得した財産のうち政令で定めるものを、各省各庁の長の承認を受けずに譲渡したり担保に供したりすることは禁止されています^[2]。どの財産が対象になるかは、交付規程などで確認してください。

そのため、補助金で導入する設備を担保にしたつなぎ融資は、承認を得ない限り組めません。担保が必要な場合は、補助対象の設備以外の資産や、信用保証協会の保証付き融資などを検討してください。売掛債権や棚卸資産を担保にする流動資産担保融資保証制度（ABL保証）は、保証限度額2億円、保証料率年0.68%で、保証人は不要です^[10]。保証付き融資の考え方は信用保証協会の保証付き融資で解説しています。

補助金は減額されうる

交付決定通知書に記載されるのは補助金の上限額で、実績報告の審査で対象外と判断された経費は差し引かれて額が確定します^[1]。補助金等適正化法15条は、報告された成果が交付決定の内容と条件に適合するかを調査してから額を確定すると定めています^[2]。

つなぎ融資の金額を補助金の上限額いっぱいにすると、減額されたときに返済資金が足りなくなります。返済計画は、対象外になりうる経費を差し引いた控えめな金額で立ててください。

自己負担分は別に用意する

補助金は必ずしも全ての経費が交付されるわけではなく、補助対象の経費、補助の割合、上限額が決まっています^[1]。補助率が2分の1なら、経費の半分は自己負担で、補助金が入っても戻ってきません。

補助金のつなぎにファクタリングは使える？

補助金を受け取る権利そのものは、ファクタリングの対象外とする会社があります。GMO BtoB早払いは、補助金・助成金を買取の対象外と明記しています^[7]。補助金のつなぎ資金にファクタリングを使う場合は、補助金ではなく、事業で発生した売掛債権を売る形が基本です。

補助金を受け取る権利を譲渡したり担保に入れたりできるかは、補助金ごとの交付規程や交付要綱の定めによります。ミラサポplusは、交付規程を、交付決定から事業実施、報告、確定、受領までの手続きで事業者が守る規則を定めた「ルールブック」と説明しています^[1]。当サイトでは、すべての補助金に共通する可否を確認できていないため、利用する補助金の事務局に確認してください。

事業の売掛債権を売る場合の費用

補助事業の経費を、本業の売掛債権を売って用意する場合は、手数料を年率に直してつなぎ融資と比べてください。

ファクタリングで補助金の入金までの長い期間を埋めようとすると、毎月売掛債権を売り続けることになり、手数料が重なります。ファクタリングは、つなぎ融資の実行が支払日に間に合わない数週間などに限って使うのが、費用を抑える使い方です。年率の考え方は手数料の年率換算、融資との違いはファクタリングと融資の違いで解説しています。

補助金を返還しなければならないのはどんなとき？

補助金を他の用途に使ったり、交付決定の条件に違反したりすると、交付決定を取り消されて返還を命じられることがあります。返還の際には加算金もかかるため、つなぎ融資の返済と重なると資金繰りが大きく崩れます。

補助金の対象となる領収書や証拠書類は、補助事業の終了後も5年間保管する必要があり、定期的な事業の状況報告が必要になる場合もあります^[1]。補助金を受け取った後も、交付規程の義務は続きます。

助成金や自治体の補助金の場合は？

補助金等適正化法は、国が交付する補助金などに適用される法律です（2条1項）^[2]。自治体の補助金は、各自治体の規則や交付要綱で、支払の時期（精算払いか、事業途中の支払があるか）が決まります。

厚生労働省の雇用関係助成金も、助成金ごとに支給要件と申請の時期が決まっています。厚生労働省は、同省の委託事業者を名乗って、助成金の申請や助成対象の診断、受給額の無料査定をうたう書面を送る勧誘が行われているとして、同省は関与していないと注意を呼びかけています^[9]。

補助金の資金繰りでよくある失敗と対策

補助金の資金繰りの失敗は、補助金が減る・遅れる原因を事業者側で作ってしまうことから起きます。ミラサポplusが注意事項として挙げている点を、資金繰りへの影響と並べます。

どれも、つなぎ融資の返済原資である補助金を減らす原因になります。補助金の手続きと資金繰りの担当者が別の場合は、交付規程の内容を社内で共有してください。

補助金の資金計画の立て方

補助金の資金計画は、支払の月と補助金の入金の月を並べ、自己負担分とつなぎ資金を分けて考えるところから始めます。

1. 公募要領で、補助対象の経費・補助率・上限額・事業期間を確認する
2. 経費の支払月を資金繰り表に書き、補助金の入金予定月（事業終了後の確定・請求・入金）を書く
3. 自己負担分と、補助金相当のつなぎ資金を分けて計算する
4. 交付決定の前に、取引金融機関につなぎ融資の相談を始める（交付決定通知書の日付以降でないと発注・支払はできない^[1]）
5. 補助対象の設備を担保にしない形で、担保・保証を決める^[2]
6. 減額や入金の遅れに備えて、返済期日と手元資金に余裕を持たせる

資金繰り表の作り方は資金繰り表の作り方、公的融資の選択肢は公的融資とファクタリングの比較で解説しています。

補助金のつなぎ資金を用意する前のチェックリスト

補助金のつなぎ資金は、入金の時期と金額が確定するまで不確かさが残ります。次の項目を確認してください。

補助金の対象経費や会計処理は、事務局や認定支援機関、税理士に確認してください。